Bij De Bezige Bij verscheen zijn novelle MIM (2007), een bijzondere uitgave ter gelegenheid van de tachtigste verjaardag van Harry Mulisch. Het boek, dat jubelend werd ontvangen, vormt een climax van de nog onvoltooide romancyclus Homo Duplex, waarin hoofdpersoon Movo zich als een moderne Oedipus door de schimmige wereld van voetbalsupporters beweegt.
Op 26 mei 2011 verscheen Tonio. Een requiemroman. Op de Eerste Pinksterdag van 2010 kwam de 21-jarige Tonio van der Heijden, het enig kind van A.F.Th. van der Heijden en Mirjam Rotenstreich, bij een verkeersongeval om het leven. Tonio. Een requiemroman vormt een nauwgezette reconstructie van een jongensleven en een radeloze queeste naar zin en betekenis. In 2014 verscheen Uitverkoren, waarin de essay-achtige teksten over de ontstaansgeschiedenis van Tonio zijn verzameld en aangevuld met de novelle Uitverkoren, de oertekst die aan de basis lag van de requimroman.
In januari 2012 werd het oeuvre van A.F.Th. van der Heijden bekroond met de Constantijn Huygens-prijs en in mei 2013 ontving Van der Heijden de P.C. Hooft-prijs voor zijn gehele oeuvre. Tijdens de uitreiking presenteerde hij deel 5 van De tandeloze tijd: De helleveeg. Deze tragikomische roman werd al snel verfilmd, met Gouden Kalf-winnares Hadewych Minis. In december 2015 verscheen De ochtendgave, een historische roman over de Vrede van Nijmegen.
In november 2016 is Kwaadschiks verschenen, het zesde deel in De tandeloze tijd, waarin de hoofdpersoon Nico Dorlas wordt bijgestaan door de strafpleiter Ernst Quispel uit Advocaat van de hanen. Tegelijk verscheen er een uitgebreide editie van Groepsportret, een onmisbaar overzicht van de honderden personages die De tandeloze tijd inmiddels bevolken – inclusief De helleveeg, Kwaadschiks en het bibliofiele deel 7 Kastanje a/d Zee. De Bezige Bij publiceerde ook de Kellendonklezing die Van der Heijden in 2014 uitsprak. Gedichten Gods of De vergrijpstuiver is een bezield betoog en ademt de explosieve kracht van zijn schrijverschap.